Das Institut für Substanzunterstützte Therapie arbeitet eng mit der Deutschen Gesellschaft für substanzunterstützte Therapie e. V. als Berufsverband zusammen.
Gegeben durch die räumliche Nähe und die teilweise gemeinsame Nutzung von Räumen, insbesondere aber auch durch ergänzende Angebote kooperiert das Institut auch mit dem Gesundheitszentrum Rotis.
Weitere Kooperationen ergeben sich vor allem aus konkreten Projekten.